Recientemente he actualizado R a 3.1.0. Yo traté de mover mis paquetes a 3.1 en el interior de la R. Marco (estoy corriendo OSX Mavericks) y de alguna manera hizo un lío, así que hizo una desinstalación completa de todo antes de una instalación limpia.

Al volver a instalar los paquetes que yo no he tenido problemas hasta que me golpeó la forecast paquete el cual arroja el siguiente error:

     package ‘forecast’ is available as a source package but not as a binary

Warning in install.packages :
package ‘forecast’ is not available (for R version 3.1.0)

De hecho tuve R 3.1.0 y tanto pronóstico y hts trabajando juntos antes que la reinstalación así que sospecho que el problema se deriva de algo que he hecho, más que un problema de compatibilidad.

Me encontré con el siguiente para ver si podía descubrir algunos detalles más acerca de la instalación falla: install.packages("forecast", type = "source", verbose = T, quiet = F)

El resultado de lo que es un poco más allá de mí, pero puede ser de ayuda en el diagnóstico:

system (cmd0): /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD INSTALL
trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/forecast_5.3.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 150395 bytes (146 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 146 Kb
foundpkgs: forecast, /var/folders/0y/_13fkvws0tn5xh4m8wsymkdh0000gp/T//RtmpzTzSpG/downloaded_packages/forecast_5.3.tar.gz
files: /var/folders/0y/_13fkvws0tn5xh4m8wsymkdh0000gp/T//RtmpzTzSpG/downloaded_packages/forecast_5.3.tar.gz
* installing *source* package ‘forecast’ ...
** package ‘forecast’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RcppArmadillo/include"   -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c calcBATS.cpp -o calcBATS.o
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RcppArmadillo/include"   -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c calcTBATS.cpp -o calcTBATS.o
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RcppArmadillo/include"   -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c etsTargetFunction.cpp -o etsTargetFunction.o
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RcppArmadillo/include"   -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c etsTargetFunctionWrapper.cpp -o etsTargetFunctionWrapper.o
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RcppArmadillo/include"   -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c etscalc.c -o etscalc.o
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RcppArmadillo/include"   -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c etspolyroot.c -o etspolyroot.o
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RcppArmadillo/include"   -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c makeBATSMatrices.cpp -o makeBATSMatrices.o
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RcppArmadillo/include"   -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c makeTBATSMatrices.cpp -o makeTBATSMatrices.o
makeTBATSMatrices.cpp:11:6: warning: unused variable 'lengthSeasonal' [-Wunused-variable]
int lengthSeasonal = 0;
^
1 warning generated.
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RcppArmadillo/include"   -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c updateMatrices.cpp -o updateMatrices.o
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RcppArmadillo/include"   -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c updateTBATSMatrices.cpp -o updateTBATSMatrices.o
updateTBATSMatrices.cpp:38:10: warning: unused variable 'gammaVector' [-Wunused-variable]
double *gammaVector;
^
1 warning generated.
clang++ -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/usr/local/lib -o forecast.so calcBATS.o calcTBATS.o etsTargetFunction.o etsTargetFunctionWrapper.o etscalc.o etspolyroot.o makeBATSMatrices.o makeTBATSMatrices.o updateMatrices.o updateTBATSMatrices.o -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -lRlapack -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -lRblas -L/usr/local/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.0.0/4.8.2 -lgfortran -lquadmath -lm -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation
ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.0.0/4.8.2'
ld: library not found for -lgfortran
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make: *** [forecast.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘forecast’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/forecast’
Warning in install.packages :
installation of package ‘forecast’ had non-zero exit status
The downloaded source packages are in/private/var/folders/0y/_13fkvws0tn5xh4m8wsymkdh0000gp/T/RtmpzTzSpG/downloaded_packages’

Agradecería un poco de ayuda aquí. Gran parte del código que he estado trabajando últimamente se basa en funciones en el pronóstico.

Echa un vistazo a la r-sig-mac archivos que están llenas de instrucciones sobre cómo compilar R paquetes debajo de los Mavericks.

OriginalEl autor Jonathan Mulligan | 2014-04-17

4 Comentarios

  1. 3

    Aquí es lo que yo hice (RcppArmadillo Errores de Compilación en OS X Mavericks)

    1. Instalar gfortran de cerveza (si usted no tiene brew, de Google. La instalación es sencilla):

      brew install gfortran

      Si está instalado, la actualización a la última con:

      brew upgrade gfortran

    2. A continuación, realice una de las siguientes:

      ln -s /usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran/lib/libgfortran.* /usr/local/lib/

      o añadir esta línea a la ~/.R/Makevars de archivo:

      FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran

      Hice la segunda opción.

    3. Ahora ejecutar install.packages("forecast", type = "source") de nuevo y debería funcionar.

    OriginalEl autor mchangun

  2. 1

    En mi caso, yo estaba tratando de instalar la versión más reciente de {previsión} paquete con devtools::install_github("robjhyndman/forecast") y tuvo el error similar.

    Entonces, aunque no estoy seguro de si lo que hizo está a la derecha, siguiendo mchangun la respuesta, hice lo que sigue y el error se resuelve:

    1. brew upgrade gcc

    De Error: gcc 5.2.0 ya instalado

    1. gcc --version

    Configurado con: –prefix=/Aplicaciones/Xcode.app/Contents/Desarrollador/usr –with-gxx-include-dir=/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX10.11.sdk/usr/include/c++/4.2.1
    Apple LLVM versión 7.0.0 (clang-700.1.76)
    Objetivo: x86_64-apple-darwin15.0.0
    Modelo de subprocesos: posix

    1. ls /usr/local/Cellar/gcc

    4.9.2 4.9.2_1 5.2.0

    1. Agregue la línea FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gcc/5.2.0 a la ~/.R/Makevars archivo

    2. Ejecutar devtools::install_github("robjhyndman/forecast") y funcionó.

    OriginalEl autor user3081234

  3. 1

    Terminal

    1. brew install gcc
    2. gcc –versión
    3. ls /usr/local/Bodega/gcc
      6.3.0_1
    4. sudo vi /Library/Frameworks/R. marco/Recursos/etc/Makeconf
    5. Agregue la línea FLIBS=-L/usr/local/Bodega/gcc/6.3.0_1

    Rstudio:

    1. instalar.paquetes(«previsión»

    OriginalEl autor suman kishore Choudhary

  4. 0

    Descarga gfortran de https://gcc.gnu.org/wiki/GFortranBinariesMacOS

    sudo rm-r /usr/local/gfortran /usr/local/bin/gfortran

    A continuación, instalar gfortran

    sudo vi /Library/Frameworks/R. marco/Recursos/etc/Makeconf

    cambiar todos gfortran-4.8 a gfortran

    FC = gfortran
    FCFLAGS = -Wall-g -O2 $(LTO)
    FCLIBS =
    F77 = gfortran
    F77_VISIBILITY =
    FFLAGS = -g -O2 $(LTO)

    FLIBS = -L/usr/local/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.0.0/4.8.2 -lgfortran -lquadmath -lm

    cambio por encima de FLIBS a la siguiente

    FLIBS = -L/usr/local/gfortran/lib -lgfortran -lquadmath -lm

    OriginalEl autor bioguo

Dejar respuesta

Please enter your comment!
Please enter your name here