En Ubuntu, estoy instalando todos los paquetes de R en el directorio, /usr/lib/R/site-library especificando lib opción en install.packages().

Pero cuando intento instalar la versión de desarrollo de la R de los paquetes utilizando, install_github(), siempre se instala en un repositorio local del usuario del sistema.

.libPaths() tiene 4 directorios incluidos en el repositorio local. Por lo tanto, tengo 2 preguntas,

  1. Va a instalar en cualquiera de los otros 3 los repositorios si puedo eliminar el repositorio local de .libPaths()?

  2. Hay alguna forma de especificar la instalación de la ruta de biblioteca en install_github()?

Estoy usando Ubuntu 12.04 64bit y R 3.0.1

———————-ACTUALIZACIÓN——————————–

  1. Incapaz de eliminar el repositorio local de .libPaths()

  2. Si trato de instalar usando install_github() en RStudio, se instala en el local repository desde lib no se especifica.

  3. Si trato de instalar usando install_github() como usuario no-root, se instala en el local repository desde lib no se especifica.

  4. Si trato de instalar usando install_github() como usuario root, se instala en el /usr/local/lib/R/site-library desde lib no se especifica.

Hay alguna especificar installation lib?

InformationsquelleAutor Manoj G | 2014-07-09

3 Comentarios

  1. 42

    Para agregar la librería especificada rutas en devtools, necesitamos utilizar with_libpaths()

    Argumentos para with_libpaths() son, with_libpaths(new, code)

    Siguiente es un ejemplo de uso de with_libpaths(),

    library(devtools)
    with_libpaths(new = "/usr/lib/R/site-library/", install_github('rCharts', 'ramnathv'))

    Cortesía: Hadley, aquí 🙂

    Y otros que with_libpaths(), hay más opciones en devtools::with_something()

    in_dir: working directory
    with_collate: collation order
    with_envvar: environmental variables
    with_libpaths: library paths, replacing current libpaths
    with_lib: library paths, prepending to current libpaths
    with_locale: any locale setting
    with_options: options
    with_path: PATH environment variable
    with_par: graphics parameters

    Más explicaciones aquí

    • devtools::with_libpaths() está en desuso. Uso withr::with_libpaths(). Ver help("devtools-deprecated").
    • Esto me da install: cannot create regular file ‘/usr/lib64/R/lib/libs3.so.2.0’: Permission denied make[1]: *** [install] Error 1 make[1]: Leaving directory /mnt/tmp/RtmpShKPQi/devtools15aa419a91f09/AnalyticalFlavorSystems-RS3-536f287/src/libs3′ make: *** [libs3.así que] Error 2 ERROR: error de compilación para el paquete ‘RS3’ * eliminar ‘/home/hadoop/git/amenaza-odin/lib/R/RS3’ Error: error de Comando (1)`
  2. 11

    install_github toma un ... argumento que pasa a devtools::install. devtools::install tiene un args argumento.

    args

    Opcional carácter vectorial de línea de comandos adicionales argumentos que se pasan a R CMD install. El valor predeterminado es el valor de la opción de «devtools.instalar.args».

    R CMD install toma una biblioteca argumento

     Options:
      -h, --help            print short help message and exit
      -v, --version         print INSTALL version info and exit
      -c, --clean           remove files created during installation
          --preclean        remove files created during a previous run
      -d, --debug           turn on debugging messages
                            and build a debug DLL
      -l, --library=LIB     install packages to library tree LIB

    De modo que el siguiente trabajo:

    devtools::install_github("repo", args = c('--library="./mypath/gdfgdg/"'))

    sin embargo no parece ser la sustitución de la llamada a R CMD install

    "C:/PROGRA~1/R/R-31~1.0/bin/x64/R" --vanilla CMD INSTALL  \
      "C:\Users\john\AppData\Local\Temp\RtmpucrXMD/RSelenium_1.3.2.tar.gz"  \
      --library="C:/Users/john/Documents/R/win-library/3.1" --install-tests  \
      --library="C:/Users/john/Desktop/"
    • Gracias. He presentado un problema, github.com/hadley/devtools/issues/519
    • has comprobado si funciona o no. Parece que funciona para mí en mi configuración.
    • He probado a cabo. Estoy recibiendo el mismo tipo de salida como en ur respuesta. Pero todavía no instalar en el directorio especificado, pero se instala en el directorio local.
    • trate de args = '-l "./mypath/gdfgdg/"' y ver si hace alguna diferencia
    • mismo resultado. no funcionaba.
    • Esto no funcionó, pero la with_libpaths() respuesta no funcionó para mí.

  3. 2

    Esto es más de una solución, pero he encontrado una manera de usar la versión de línea de comandos de R.

    A partir de Ubuntu:

    sudo -i R

    el truco (I), es el uso de -i opción

    A continuación, a partir de R:

    .libPaths()

    mi local R directorio no aparece; el directorio predeterminado es el que quiero.

    Entonces, yo install.packages() o install_github() con la impunidad.

    Espero que esto ayude,

    Ian

    • Gracias. Pero todavía sólo quita directorio local de .libPaths() y no hay 3 más directorios. Mismo como la ejecución de R como usuario root.

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